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后期养护管理需长期坚持，保障植株持续健康生长。在水质管理方面，需定期监测水质指标（如 pH 值、宁化当地溶解氧、宁化同城氨氮含量），适宜宁化睡莲生长的 pH 值为 6.5-7.5，溶解氧含量不低于 5mg/L，若水质偏酸性，可加入适量生石灰调节，若氨氮含量过高，需增加换水频率，或种植水生植物如芦苇、宁化当地菖蒲，与睡莲形成共生系统，共同净化水质。在肥料管理方面，生长期（4-9 月）每月施加 1 次专用肥，以磷钾肥为主，氮肥为辅，避免氮肥过多导致叶片徒长、宁化本地开花减少；秋季（10-11 月）减少施肥量，每 2 个月施 1 次肥，冬季停止施肥。在植株修剪方面，定期去除枯萎的叶片、宁化花茎，避免腐烂污染水质；对于生长过密的植株，需进行分株移栽，保持合理的种植密度，一般每 2-3 年分株 1 次，分株时间选择在春季，将母株从土壤中挖出，分割成带有 2-3 个芽点的块茎，消毒后重新定植。
在品种研发与提纯方面，宁化睡莲种苗基地投入大量资源开展品种研发工作，拥有专业的育种实验室，配备先进的育种设备，如组培苗培育设备、宁化基因检测设备等。育种团队通过杂交育种、宁化诱变育种、宁化附近组培快繁等技术手段，培育具有优良性状的新品种，例如培育出抗病虫害能力强、宁化当地耐污染、宁化附近观赏价值高的宁化睡莲品种；同时，对现有品种进行提纯复壮，通过多代筛选，去除变异株、宁化本地劣株，确保品种纯度不低于 95％，避免品种退化，维持种苗的优良遗传特性。此外，基地还会对培育出的新品种进行田间试验，观察其在不同气候、宁化本地土壤、宁化附近水质条件下的生长表现，筛选出适应性强的品种进行规模化繁殖
在培育环境选择上，宁化睡莲苗适宜在温暖、宁化同城光照充足且水质清洁的环境中生长。培育初期，可选用口径 20-30cm、宁化本地深度 30-40cm 的花盆，盆底铺设 10-15cm 厚的塘泥，塘泥需提前暴晒消毒，避免携带病菌或虫卵；将睡莲苗放入花盆后，覆盖 5-8cm 厚的塘泥，轻轻压实，防止幼苗倒伏，随后加入清水，水位以刚好没过叶片底部为宜，避免水位过高导致叶片腐烂。培育过程中，需控制水温在 20-25℃，若环境温度较低，可搭建保温棚或使用加热棒调节水温，确保幼苗正常生长。
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